Docteur et ingénieur en informatique, Thomas Bottini est spécialisé dans la conception, le développement et les questions épistémologiques liées aux systèmes d'information multimédias coopératifs équipant les chercheurs & chercheuses en SHS. Comme ingénieur, il élabore des dispositifs s'inscrivant dans le paradigme des humanités numériques (où la source est centrale : bases de données sémantiques, systèmes d'annotation contributifs, outils d'édition numérique…) et des méthodes numériques (où la question de recherche ne peut être posée sans recours à un dispositif informatique ad hoc, comme par exemple l'aide à l'analyse sémiotique des controverses en ligne). Sa recherche, située dans le champ des Sciences de l'information et de la communication, porte sur l'épistémologie des dispositifs informatiques au service des démarches qualitatives et des pratiques interprétatives en SHS (sémiotique, herméneutique…), et sur une théorie du support conférant aux objets techniques (numériques) un statut constitutif dans les gestes et opérations fondant la rationalité scientifique (à la suite des travaux de l'anthropologue Jack Goody et de l'école de Compiègne).